【由来】
前凉置临松郡，以郡西南有临松山而得名。西魏改临松郡为临松县。北周废临松县并入张掖。1954年由酒泉、高台、张掖等县析置肃南裕固族自治区（县级），1955年改为肃南裕固族自治县。县因方位在肃州南部，故名。
【沿革】
春秋战国时期，这里曾是乌孙、月氏游牧地，后为匈奴所据。汉元光二年（前133年）至元狩四年（前119年），汉武帝派遣张骞出使西域，先后击败了占据河西地区的匈奴王休屠和浑邪，于元鼎六年（前111年）设张掖郡，祁连山一带正式归入中原版图。其后河西回鹘（裕固族先民）曾攻入甘州，随后占据河西走廊西部，并立国，设牙帐于张掖，统治河西约1400余年。
直至明正统年间，修筑城垣，因地处甘州之南，命名南古城。明嘉靖二十八年（1549年）重建，清顺治元年（1644年）置南古城营，属洪水营兼辖，控制通南山之小堵麻口、大堵麻口、酥油口、小野口、大野口、正南沟口、小尾麻龙口诸隘口。乾隆二十九年修筑廒房。咸丰、道光年间又建福德宫、三官庙。光绪十九年（1893年）又重筑城。
辛亥革命后，设甘凉道和安肃道，肃南地区大部分属安肃道管辖，分属酒泉、高台、临泽、张掖、民乐各县。
1953年7月18日，在裕固族聚居的原高台县第六区、酒泉县祁明区、张掖县康乐区的基础上成立裕固族自治区（县级），隶属张掖专区。1955年改为肃南裕固族自治县的正式成立。1957年，又将原属民乐、张掖管辖的马蹄区划入肃南裕固族自治县。1959年，肃南裕固族自治县的陶东部、八字墩、友爱的草划归青海省，将青海省的城滩草原移交肃南裕固族自治县。1969年张掖专区改张掖地区，肃南裕固族自治县隶属张掖地区。2002年3月1日，撤销张掖地区，设立地级张掖市，肃南裕固族自治县隶属张掖市至今。
