【由来】
民国十八年七月十三日（1929年8月17日）大通县属达坂山以北的北大通、红山堡、永安和祁连八宝、阿力克及仙米、珠母、皇城等到地划出设亹源县，因临近浩亹河(今名大通河)源头而得名。1953年设立亹源回族自治区，1955年改设亹源回族自治县。1959年因“亹”字生僻，于是亹源回族自治县更名门源回族自治县。
亹，意为两岸对峙如门的峡谷。朱熹注：“亹，水流峡中，两岸如门也。”
【沿革】
秦代为羌人故地，两汉、三国为西平郡辖地。东晋十六国时，先后属前凉、后凉、南凉、北凉五国属地，南北朝时为鲜卑族吐谷浑人牧地。吐蕃灭吐谷浑，县地归属吐蕃政权。
隋、唐属鄯州辖地，唐朝一度设吐谷浑羁縻州—阁门州、隶凉州都督府，后被吐蕃占领。宋时为凉州吐蕃六谷部、西夏、河湟吐蕃唃厮啰等地方政权和宋王朝交替统治。北宋时期唃厮啰以青唐城（西宁）为中心建立河湟吐蕃政权，为防西夏，在浩门河北岸筑大通城（现浩门镇东南古城，大通河因城得名）。南宋宁宗嘉定十五年（1222年）以后，金、夏交替控制门源地区。
元代为章吉驸马封地，属西宁州管辖。随同蒙古军队东来的部分"西域亲军"，屯耕牧养留居门源。明代为西宁卫辖区，明末为蒙古族麦力干牧地。清代初期仍为西宁卫辖区，清雍正二年（1724年）清军平定罗卜藏丹津反清事件后，置大通卫，并筑大通城（今县府所在地）、及所辖永安、白塔（今大通县城关镇）两城。清乾隆九年（1744年）移大通卫于白塔，降置为北大通营、红山堡。乾隆二十六年（1761），大通废卫置县，县地属大通县红山、永安两堡管辖。
民国十八年七月十三日（1929年8月17日）大通县属达坂山以北的北大通、红山堡、永安和祁连八宝、阿力克及仙米、珠母、皇城等到地划出设亹源县，属青海省管辖。
1949年9月10日，亹源解放，9月16日成立亹源县人民政府。1953年12月19日成立“亹源回族自治区”，1955年6月改名为“亹源回族自治县”，隶属海北藏族自治州。1959年因“亹”字生僻，于是亹源回族自治县更名门源回族自治县。
