【由来】
旧称“白马岗”，意为“隐藏的莲花”，亦示以花乡之意。波密王嘎朗巴于清光绪七年（1881年）在这里设宗，宗址地东村，故曰“地东宗”，下设五措六寺。后因地东村缺水，宗本聂巴朗杰将宗址改迁墨脱村，故此易名为“墨脱宗”。1956年成立墨脱宗办事处；1959年7月建墨脱县。“墨脱”藏语意为“花朵”。当地气候温暖，四季花香，门巴人以此地为民居，故有此名。
【沿革】
由于高山大川的阻隔，使墨脱成为相当封闭的天地。最早，这里是珞巴人居住的地方，那时还处于原始社会时期，境内仅有10几个部落，他们既不受辖于外界，其内部也无行政机构设置。8世纪，莲花生大师受藏王赤松德赞之请曾来此弘法月余，称颂这里是“莲花圣地”（白马岗）；大藏经《甘珠尔》也称这里是“佛之净土”。大约在17世纪中叶，原居住在朱隅、门隅一带的门巴人发现了这个世外桃源，于是在以后的300余年里，一代接一代地向这里迁徙，在这里繁衍，并最终在数量上超过了珞巴人，至今已占到全县总人口的70%左右。
19世纪，波密王利用门巴、珞巴部族之间的矛盾，将其势力逐步渗入墨脱境内（当时称“白马岗”地区）。为了更牢固地统治这块地方，波密王嘎朗巴于清光绪七年（1881年）在这里设宗，宗址地东村，故曰“地东宗”，下设五措六寺。后因地东村缺水，宗本聂巴朗杰将宗址改迁墨脱村，故此易名为“墨脱宗”。波密王统治墨脱期间，先后共委任了10个宗本。
民国十六年（1927年）至民国二十年（1931年），噶厦政府与波密王之间爆发战争，波密王战败，噶厦政府将墨脱分封给立有战功的色拉寺、倾多寺和松宗寺，于是，三寺各自建宗，并委派自己的宗本。墨脱被一分为三的状况，一直延续到1951年。
1952年6月，中共波密分工委派出珞渝工作组，进驻当时三宗之一的金珠宗开展工作。1954年珞渝工作组改为珞渝工作队，南下到墨脱宗开展工作，1955年又改为白马岗工作队。1956年成立墨脱宗办事处；1957年因“六年不改”撤回林芝。1959年7月建县，隶属于塔工分工委，县机关暂驻米林县的派区，并为进驻墨脱做准备。
1962年6月，军政人员进驻墨脱境内的马尼翁。为了统一领导，当时成立了“墨脱县营委”，与墨脱独立营合署办公。1964年塔工分工委撤销，墨脱县划归拉萨市管辖。1966年—1968年，区乡建制趋于统一。1974年4月，县委和县府从马尼翁迁到原墨脱宗旧址墨脱村，同时撤销县营委。1986年2月，林芝行署成立，墨脱县划归林芝行署管辖至今。
