【由来】
清顺治六年(1649年)，清廷将鄂尔多斯蒙古部分为鄂尔多斯左翼前、中、后和鄂尔多斯右翼前、中、后6个札萨克旗，置伊克昭盟。鄂尔多斯左翼前旗即今准格尔旗。准格尔为蒙语，汉意为“左翼”，蒙古语中称东面为左。
【沿革】
商周时期，今准格尔旗多为北方游牧部落荤粥、猃狁、林胡、娄烦所占据。战国初期，韩、赵、魏三家分晋，今鄂尔多斯东部的准格尔旗部分地区属魏国上郡辖区。
秦惠文君九年(前329年)，秦国攻打魏国，魏国被迫割让15县求和，其中就包括鄂尔多斯东部(今准格尔旗地区)，一并纳入了秦国的版图。秦统一六国后，今旗境南属西河郡，长城以东属上郡辖区，以西为林胡、楼烦等民族的游牧区。在今准噶尔旗境内设有美稷县、平定县、广衍县。秦末，中原大乱，无人戍边，鄂尔多斯高原又为匈奴冒顿单于占据，划编为右贤王驻牧区。
汉因秦制。元朔元年(前128年)，汉武帝发动了漠南之战，派大将卫青击败驻牧在鄂尔多斯高原上匈奴属部绥颊王和白羊王部，占领了鄂尔多斯高原。旗中部设美稷县，东北设沙南县，西南部设广衍县，准格尔旗大部属云中郡。北魏天赐四年(407年)，匈奴一支铁弗部建立大夏国，今准噶尔旗地属大夏国夏州。
隋开皇三年(583年)置榆林关，开皇七年(587年)置松林县，属云州辖。开皇二十年(600年)割云州榆林(准格尔旗十二连城古城)，富昌(今准格尔旗天顺圪梁古城)，金河(今托克托县哈拉板申古城)三县置胜州。大业五年(609年)炀帝改胜州为榆林郡，仍领榆林、富昌、金河三县，治所榆林县，辖境包括今准格尔旗和呼市的托克托县、和林格尔县的部分地区。
唐贞观三年(629年)，唐王朝置胜州(隋时的榆林郡)。天宝元年(742年)改为榆林郡，乾元元年(758年)复称胜州。领榆林(今准格尔旗十二连城古城)、河滨(今准格尔旗天顺圪粱古城)二县，州治榆林县。
五代十国时期，西北地区的藏才族(也作藏察勒族)，乘战乱之机，进入今鄂尔多斯高原东部的准格尔旗境内。辽伐西夏时，藏才族首领王承美率部附辽，辽授其左手牛卫将军衔，并助其在今准格尔旗纳日松镇二长渠村筑城建砦。
宋开宝二年(969年)，王承美归宋，藏才族首领王承美归宋，宋廷准其扩建城邑，并赐名“丰州”，受宋封号为丰州防御史。丰州(准格尔旗纳日松镇二长渠村古城)、府州(今陕西府谷县)、麟州(今陕西神木县北杨家城)为“河外三州”，是固守北宋的北方门户。庆历元年(1041年)丰州被西夏李元昊攻破。嘉祐七年(1062年)又在府州萝泊川掌地(在今府谷县北)复建丰州，属河东路。
北宋靖康元年(1126年)，北宋被金国所灭，西夏人趁机占领丰州城。西夏保义二年(1227年)，蒙古灭西夏，丰州城废，今准格尔旗为蒙古所占据。元朝时，属东胜州。
明洪武四年(1371年)，明军攻下东胜州(今托克托县古城)，置东胜卫。同年元知院都连帖木儿等率众归附，明于东胜卫附近及鄂尔多斯高原东北部置失宝赤、五花城、斡鲁忽奴、燕只、瓮吉刺五千户所，安置蒙古归附人众，隶东胜卫辖。洪武二十五年(1392年)，又分东胜卫为东胜左、右、中、前、后五卫，东胜右卫治所即今准格尔旗十二连城古城。次年，罢东胜中、前、后三卫。永乐元年(1403年)，东胜左、右卫徙至内地。正统三年(1438年)曾再度复置，但不久又废。十五世纪六十年代始，蒙古鞑靼部所属各部先后入居鄂尔多斯地区，虽然明朝也屡次对鄂尔多斯地区蒙古各部用兵，但靡兵费饷，未达目的，只好修筑修筑长城，自此倚边墙而守，放弃河套。
清天聪九年(1635年)鄂尔多斯万户孛儿只斤·额磷臣率部内附归清，清廷册孛儿只斤·额磷臣为鄂尔多斯济农。顺治六年(1649年)，清廷将鄂尔多斯蒙古部分为鄂尔多斯左翼前、中、后和鄂尔多斯右翼前、中、后6个札萨克旗，置伊克昭盟。鄂尔多斯左翼前旗即今准格尔旗。光绪二十九年(1903年)，清政府实行“旗厅并置”，析置五原厅，管理后套垦务及汉民事务。
民国初年，孙中山任中华民国临时大总统，并宣布“清廷对待蒙古实行的种种政策继续生效”，所以伊盟的盟旗制度和区划如前。民国三年(1914年)1月，设立绥远特别区，准噶尔旗随伊克昭盟隶属绥远特别区管辖。民国十六年(1927年)准噶尔旗随伊克昭盟隶属绥远特别区蒙藏委员会管辖。民国十七年(1928年)，绥远特别区改为绥远省。民国二十五年(1936年)2月，绥境蒙政会在归绥(呼和浩特市)成立，准噶尔旗随伊克昭盟隶属绥远省绥境蒙政会管辖。
民国二十六年(1937年)10月14日，日军攻占归绥，扶植德王成立蒙疆组织统治，民国二十八年(1939年)9月，成立“蒙疆联合自治政府”，准噶尔旗随伊克昭盟属伪“蒙疆联合自治政府”。日本迫使蒙疆奉汪伪政权为中央政府，但实际上控制权仍属国民政府的绥远省。
抗战时期，马占山接受国民政府“警卫伊盟，兼守河防”的命令，率部开进了准格尔旗布军抗战。民国三十四年(1945年)8月15日，日本无条件投降，伪“蒙疆联合自治政府”垮台，国民政府收复失地。民国三十七年(1948年)4月11日，中共伊盟支队解放了准格尔旗。5月，成立准格尔旗临时政务委员会，政府驻地设于沙圪堵。
1950年4月，准格尔旗末代扎萨克奇福海回沙圪堵交印，旗政最终统一于人民政府。1954年3月5日，撤销绥远省建制，准噶尔旗随伊克昭盟并入内蒙古自治区。1955年9月旗人民政府改称旗人民委员会。1968年4月13日，撤销准噶尔旗人民委员会，成立革命委员会。1981年1月24日，撤销准噶尔革命委员会，复称人民政府。1999年8月旗人民政府驻地从沙圪堵迁址薛家湾。2001年2月26日，撤销伊克昭盟和县级东胜市，设立地级鄂尔多斯市，准噶尔旗隶属鄂尔多斯市。
