【由来】
“杭锦”系突厥语，意为“使车者”。明朝时，此地为蒙古族鄂尔多斯部杭锦部落牧地。清顺治六年(1649年)设立鄂尔多斯右翼后旗，民国元年(1912年)，根据鄂尔多斯右翼后旗的俗称，易名为杭锦旗。
【沿革】
今杭锦旗，商周时为方、羌方、龙方和猃狁等民族游牧之地。约在公元前十世纪，西伯姬昌派大将南仲北逐猃狁(音险允)，并在杭锦旗北境修筑朔方城。春秋战国时期，杭锦旗境为匈奴游牧地。秦始皇二十六年(前221年)，秦统一中国后，匈奴仍游牧于河套，经常侵袭秦朝北境。秦始皇三十二年(前215年)，派大将蒙恬发兵30万，北击匈奴，迫其北退700余里，河套地区归秦所领。秦朝在河套北部设置九原郡，杭锦旗当时属于九原郡。
秦末，政局动荡，战乱频繁，匈奴复居河套地域。汉武帝元朔二年(前127年)，将军卫青率大军击败匈奴，收复河套。并于今杭锦旗沙日召地区再建朔方城，为朔方郡治。朔方郡领数县，锡尼镇北库布其沙漠中有广牧县，沙日召一带为朔方县，巴拉亥一带为沃野县，浩绕柴达木一带为大城县，毛布拉孔兑沟下游地区则有渠搜县和呼遒县，胜利乡带为修都县。
新莽始建国元年(9年)，改朔方郡为沟搜郡。东汉光武五年(29年)，割据者卢芳在匈奴的支持下称帝于五原，占据朔方、云中等郡。建武七年(31年)，卢芳建制的朔方郡太守投降东汉。东汉初期，将朔方郡直属并州，郡治移到临戎县，杭锦旗仍属朔方郡。建武二十四年(48年)，匈奴分为南北二部，南匈奴附东汉，入居朔方等郡地。建安二十年(215年)，曹操平息北方割据势力后，废朔方等郡。今杭锦旗地复为匈奴、鲜卑、乌桓、羌等民族的游牧地。
两晋十六国时期，今杭锦旗地先后归属前赵、后赵、前秦、后秦,西燕、大夏等国。北魏太延五年(439年)，北魏统一黄河流域。太安二年(456年)，于杭锦旗东北部置代名郡，领呼遒、渠搜二县。汉广牧县、临戎县故城此时仍存留，被称做甘草城、贺葛真城。其时，东胡后裔柔然强盛于大漠南北。为拱卫首都单城，防止柔然南进，北魏在北境设6个军事据点，称“六镇”。其中，沃野镇位于杭锦旗北部巴拉亥地区(北魏中期迁到汉朔方故城，北魏末年迁到今五原北)。
隋朝，杭锦旗北部和西北部分属五原郡之九原县、永丰县。唐朝建立后，将隋时的郡改为州，今杭锦旗地属丰州。丰州城位于格更召苏木境内的库布其沙漠(时称库结沙)中。五代时，西北地区的藏才族，乘战乱之机，进入今准格尔旗境内。辽伐西夏时，藏才族首领王承美率部附辽。
宋开宝二年(969年)，王承美归宋，藏才族首领王承美归宋，宋廷准其扩建城邑，并赐名“丰州”，受宋封号为丰州防御史。庆历元年(1041年)丰州被西夏李元昊攻破。嘉祐七年(1062年)又在府州萝泊川掌地(在今府谷县北)复建丰州，属河东路。
金灭北宋后，丰州复为西夏占领。西夏保义二年(1227年)，蒙古灭西夏，丰州城废。元代，杭锦旗境域分属陕西行省的延安路和甘肃行省的乌刺海路。明朝洪武、永乐年间(1368年—1424年)，明朝廷在沿边一带设立许多军事卫所，鄂尔多斯地区属东胜左、右二卫管辖。嗣后，明朝又沿长城一线陆续设置9个军事重镇，称为“九边”，鄂尔多斯地区属“九边”之一的榆林镇(今陕西省榆林)。十五世纪六十年代始，蒙古鞑靼部所属各部先后入居鄂尔多斯地区，虽然明朝也屡次对鄂尔多斯地区蒙古各部用兵，但靡兵费饷，未达目的，只好修筑修筑长城，自此倚边墙而守，放弃河套。
明武宗正德五年(1510年)，巴图孟克达延汗统一蒙古各部，为便于统辖，恢复万户组织。鄂尔多斯万户此时为右翼三万户主干，驻牧河套。嘉靖三十年(1551年)，鄂尔多斯衮必力克莫日济农将部众一分为九，分给九个儿子统领，第三子“卫达尔玛据右翼达拉特杭锦，墨日更巴罕二部”。
后金天聪九年(1635年)鄂尔多斯济农①额璘臣与后金订立盟约，承认是其藩属。清顺治六年(1649年)，鄂尔多斯部大扎木苏等人叛变清朝，济农额璘臣和同族固鲁岱青善丹、小扎木苏等没有参与。受到清朝嘉许，被封爵差位。是年，清朝在鄂尔多斯设旗，卫达尔玛的第四代后裔小扎木苏，受任鄂尔多斯右翼后旗(又名杭锦旗)第一任札萨克。鄂尔多斯诸旗属内札萨克，同属伊克昭盟。光绪二十九年(1903年)，清政府实行“旗厅并置”，析置五原厅，管理后套垦务及汉民事务。
民国元年(1912年)，根据鄂尔多斯右翼后旗的俗称，易名为杭锦旗。民国三年(1914年)1月，设立绥远特别区，杭锦旗随伊克昭盟隶属绥远特别区管辖。民国十六年(1927年)杭锦旗随伊克昭盟隶属绥远特别区蒙藏委员会管辖。民国十七年(1928年)，绥远特别区改为绥远省。民国二十五年(1936年)2月，绥境蒙政会在归绥(呼和浩特市)成立，杭锦旗随伊克昭盟隶属绥远省绥境蒙政会管辖。
民国三十年(1941年)11月，国民党缓远省政府第三区行政督察专员公署设立横跨杭锦旗和鄂托克旗的“桃力民办公室”(县级建置)，辖杭锦旗黄河以南的近1/3面积。民国三十一年(1942年)夏，傅作义将军在后套地区实行新县制，杭锦旗只管理后套辖地日渐减少的蒙民及其事务。民国三十二年(1943年)桃力民办公室改为桃力民办事处。
民国三十八年(1949年)9月19日，国民党绥远省党政军要员通电宣布起义，绥远省全境和平解放。12月6日，旗工委进驻贝勒召(今锡尼镇②)，杭锦旗临时人民政府成立(后改为杭锦旗人民自治政府、杭锦旗人民政府)，仍隶属绥远省伊克昭盟。
1951年9月，桃力民中心区(由桃力民办事处改设)被撤销，所辖地区依照历史隶属关系分别划归杭锦旗和鄂托克旗。同年，杭锦旗后套辖区大部划归米仓县(1953年9月改为杭锦后旗)。到1953年9月，杭锦旗的后套辖区全部归入杭锦后旗、临河县、安北县和五原县。至此，历史上遗留下来的“旗县并存”问题得以解决。1954年3月5日，撤销绥远省建制，杭锦旗随伊克昭盟并入内蒙古自治区。
1968年1月26日，杭锦旗革命委员会成立，取代旗政府机关。3月23日，伊克昭盟革命委员会成立，杭锦旗革命委员会属之。1980年1月5日，撤销杭锦旗革命委员会，恢复旗政府。2001年2月26日，撤销伊克昭盟和县级东胜市，设立地级鄂尔多斯市，杭锦旗隶属鄂尔多斯市。
【注释】
①济农，汉语“亲王”的蒙古语译音，也写作吉囊、吉能，意为“副王”或“副汗”，明代蒙古贵族首领称号之一。
②贝勒召，当时杭锦旗的札萨克王爷阿拉腾敖其尔的爵位为贝勒，所以其家庙也就叫贝勒音召(灵光寺)，人们也将此地称为贝勒召，后被汉民传改为百灵召(百灵庙)。庙的名称叫阿木古郎图召，汉名叫灵光寺，袁世凯大总统赐名“盖哈玛石克格日勒图庙”。1956年10月，在第四届杭锦旗人民代表大会上，旗人民委员会将驻地改为镇，将“百灵庙”命名为“百灵镇”，1957年7月又易名为“锡尼镇”。锡尼系蒙古语，意为“新”，取“新兴”意命名。
