【由来】
康熙五十七年（1718年）从今巴里坤至今木垒沿途修筑城堡，雍正十三年（1735年），清政府定名为“穆垒”。后“穆垒”又逐渐演变为“木垒”。《新疆图志》载：“穆垒”系匈奴语“蒲类”的转音”。唐代庭州蒲类县在今木垒县西；而蒲类县名“蒲类”一词源于“蒲类海”，汉代的“蒲类海”即今木垒以东的巴里坤湖。
【沿革】
西汉时期，汉朝政府于汉神爵二年（公元前60年）设西域都护，管理西域36国。木垒属蒲类后国，归西域都护管辖。唐代，唐朝政府统一西域后，于贞观十四年（640年）在今吉木萨尔县设立庭州，并下设蒲类县，木垒属蒲类县，归庭州管辖。唐开元元年（713年），唐政府设独山守捉于今木垒县境。
两宋时属高昌回鹘。成吉思汗统兵西征，在此建独山城。元属别失八里东境。明为瓦剌游牧地。
清朝建立后，清政府在统一西域过程中，由于军事需要，于康熙五十七年（1718年）从今巴里坤至木垒沿途修筑城堡。清雍正十年（1732年），川陕总督宁远大将军岳钟琪以木垒地势扼要，奏移驻军，并修筑木垒城，城周长六百余丈。雍正十三年（1735年），清政府定名木垒为“穆垒”。后“穆垒”又逐渐演变为“木垒”。乾隆年间设北路营塘，称“木垒塘”。清乾隆二十四年（1759），清政府平定准噶尔部后，在东吉尔玛台（今东城镇）建奇台堡，设管粮巡检一员。二十六年（1761年），清政府以木垒“地沃泉滋”，决定在此“募人大开阡陌”，并派驻绿旗兵木垒营。三十二年（1767年），清政府从甘肃甘州招募屯民300户1000多人，安置在木垒、奇台屯田，次年两地屯民共开垦土地608公顷。三十八年（1773年），设奇台县、木垒归奇台县管辖，隶属巴里坤镇西府。
中华民国元年（1912年）重筑木垒城，民国六年（1917年），设木垒河县佐，隶属奇台县管辖。民国八年（1919年），开始修筑木垒城，历时9年，初由民工修筑了部分城墙后停工，后由工程营兵完成筑城工程。民国十九年（1930年）3月，木垒建县，从奇台县划出，定名木垒河县，属迪化行政区。
1950年3月1日建立木垒河县人民政府，隶属迪化专员公署。1953年迪化恢复旧名，改为乌鲁木齐。1954年3月，木垒河县改名为木垒县。1954年7月14日成立木垒哈萨克自治区，1955年2月14日改为木垒哈萨克自治县，属乌鲁木齐专区。1958年5月划归昌吉回族自治州。1969年自治县人民委员会改称革命委员会，1981年1月撤销革委会，恢复木垒哈萨克自治县人民政府建置。
