【由来】
清乾隆二十四年（1759年）设济木萨巡检，乾隆四十一年（1776年），清政府撤销济木萨巡检设县丞，光绪二十八年（1902年），济木萨县丞升格为县，因治所叫孚远城，于是县名定为孚远县。1954年2月，孚远县更名为吉木萨尔县。
吉木萨尔，蒙语意为“沙砾滩河”。另有一说，“吉木”系唐代在此所设“金满”县的译音，“萨尔”为突厥语“城”之意。吉木萨尔是汉唐到元代天山以北的政治经济中心，唐代以后开辟的“丝绸之路”新北道上的重镇、商埠和交通枢纽，古道“唐朝路”至今仍依稀可辨。
【沿革】
汉为车师后的王都。东汉永平十七年（74年）置西域都护、戊己校尉，屯田车师后王部金满城。西突厥时建可汗浮图城。
唐贞观十四年（640年），唐政府在今吉木萨尔县境内设立庭州，辖东至蒲类海（巴里坤湖），西至石漆河（精河），北临沙漠，南依天山的广大区域。建州初，设金满、蒲类、轮台三县，州治金满城，后增西海县庭州辖四县。金满县在今吉木萨尔县境内，下辖两个乡，县与州同治金满城。长安二年（702年），武则天政府为增强军事防御力量，升庭州为北庭都护府，府治北庭城（金满城），它既是军事指挥机关，又是行政管理机构，为天山北麓的政治、军事中心和交通枢纽。而金满县的建置随着都护府建置规格的升高而撤销。唐景云二年（711年），北庭都护府升格为北庭大都护府，下设2个都护府，23个都督府，辖伊州、西州、庭州三州，成为唐朝在西域的最高军事指挥机关，管理天山以北东起蒲类海，西至咸海广大地区的军事政务，受其节制的军队有十万余众。
宋辽属高昌回鹘。元代的别失八里屯田兵元帅府、行尚书省、宣慰司均设在这里。《西游录》称别石把，《西游记》作鳖思马；《元史》、《明史》作别失八里，治所在后堡子古城。明代是瓦剌游牧地。
清乾隆二十四年（1759年）设济木萨巡检，管理民屯粮食收支、监放军粮与地方防务。乾隆三十二年（1767年），清政府开始在济木萨屯田，设屯田绿营兵775人，屯田2万亩。乾隆三十七年（1772年），纪昀、余永斋等到济木萨勘定提督后营兵驻防地，看到北庭故城毁坏严重，无法修复，故放弃。于是在济木萨修恺安城。乾隆四十一年（1776年），清政府撤销济木萨巡检设县丞，隶属迪化州阜康县。光绪二十年（1894）重建恺安城，改名孚远城。光绪二十八年（1902年），济木萨县丞升格为县，以城名为县名，名孚远县，治所孚远城，隶属于镇迪道迪化府，后隶属于迪化道。
1943年属迪化专区。1950年成立孚远县人民政府，隶属迪化专员公署。1953年迪化恢复旧名，改为乌鲁木齐。1954年2月，孚远县更名为吉木萨尔县，隶属于乌鲁木齐专员公署。1958年5月，乌鲁木齐专区撤销，吉木萨尔县隶属昌吉自治州至今。
