1866年11月12日夜，孙中山出生在广东香山县的翠亨村，在德明族谱上的名字叫孙帝，乳名帝象，乃亲人为其请求“北帝”神，护佑之意。入学时取名孙文，字载之，载之由名“文”而来，取“文以载道”之义。孙中山信天主教，教号叫日新，取自《大学》中“苟日新，日日新，又日新”之语。
孙中山的英文名字是Sun Yat-sen（孙日新），西方人称孙中山为孙逸仙，英文Sun Yat-sen译为汉语就是“孙逸仙”。孙中山行医时用的名字是孙逸仙。 参加革命后孙中山被清政府通缉时，通缉令上的名字为“孙汶”。这是清政府故意加上三点水部首，因为“汶”是一个贬义词，含义“汶汶，犹昏暗不明也”，或说“蒙垢尘也”，或说“玷污也”，是清政府的官吏们有意侮辱、打击、谩骂孙文这位革命领袖所使用的。
1896年9月，日本青年宫崎滔天、平山周，经过许多曲折，在日本横滨中国革命志士陈少白的寓所，见到了孙文。孙文谈及革命时，其慷慨激昂之情，犹如深山虎啸。他俩被孙文的革命热情、见识和抱负深深感动，决心帮助孙文，并为他的生命安全担忧，劝他暂时留驻日本。孙文同意后，宫崎和平山就陪同孙文找旅馆。他们绕过日比谷公园，路过中山候爵府邸，来到“对鹤馆”旅馆，并由平山替孙文代笔登记。当时，孙文处于流亡之中，不便公开姓名身份。填写什么好呢？平山执笔踌躇一番，忽然想起刚才走过中山候爵府时看见的那块牌匾，于是就在旅馆簿上写下了“中山”两字。但按日本习俗，中山只是个姓，还得有一个适当的名字才好，平山又踌躇起来了。正在这时，孙文接过登记簿，在“中山”两字下面添上了一个“樵”字，笑着对平山说：“我是中国的山樵。”日本的朋友为了掩护孙文，称孙文为中山先生。
孙中山”这个名字第一次出现在文献中，是在1903年出版的章士钊翻译的《大革命家孙逸仙》一书中。再版时，更名为《大革命家孙中山》，从此，有了孙中山这个新词。后来章士钊在著文或演讲时，对孙文也直呼为孙中山，人们渐渐也习惯了此称呼，孙文本人也默认了。
但是，孙文本人从来没有用过孙中山这个名字，国民党和国民政府的文件中也没有用过孙中山这个名字。国民党总理叫孙文，不叫孙中山。南京临时政府大总统叫孙文，不叫孙中山。广东革命政府大元帅叫孙文，也不叫孙中山。从来没有人当着孙中山的面称其为孙中山。孙文去世以后，国民党和国民政府禁止使用孙文这一称呼，规定必须称“总理”、“国父”。中华人民共和国成立后，共产党执政，称孙中山为国父或者总理显然不妥，而孙文的名字早已被禁止使用了，时任中央文史研究馆馆长的章士钊，将大陆出版的历史教科书改“国父”、“总理”为孙中山，即使用章士钊给孙文起的名字。
